继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。

警察搜查一课的精英爱女零花，面对父亲哲雄被认定的凶杀案，陷入深深的疑惑之中。同时，半堕落犯罪组织洼等，再次将目标对准哲雄，展开了新一轮的行动。逃亡生活中的恭一也重现江湖，被卷入更大的阴谋中。随着“杀人犯的父亲”与“警察的女儿”与“半堕落犯罪组织”的对决升级，故事愈加扑朔迷离，将所有人推向绝境。父亲为