本片根據約翰修斯的小說改編而成，敘述3個高中新生在入學第一天就飽受校園惡霸欺負，為了不讓將來的日子越來越難過，他們在「軍人榮光」雜誌中刊登廣告，希望顧到一名保鏢。沒想到來應徵的是崔比，他以海灘為家、收費低廉，而他將為3個小老闆帶來前所未有的震撼教育。

尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……

影片故事仍将围绕赞佩里尼（塞谬尔·亨特 饰）展 开，片中美国基督教福音布道家葛培理（威尔·格拉汉饰）也将出现。