故事发生在今世与来世之间的三洲川。武士家族斯波家世代与外州作战，族长斯波净流（又名真剑红）每天都与外州的主力七无组战斗。族中智者日下部彦真（Hikoma Kusakabe）察觉到外族进一步入侵的迹象，建议净流召集臣民抵抗，但净流因内心的矛盾拒绝了这一提议。一天，外岛首领们终于醒悟，发动了全面进攻。眼

歴史を守るために名刀から姿を変えた刀剣男士たち。ある日、彼らの本丸に、謎の男士が現れる。特命調査の出陣要請を求める彼は、放棄された世界、歴史改変された文久土佐藩への道を開いたと告げる。そして、調査のため刀剣男士たちは播磨屋橋へ向かうが……

《佐佐木与宫野》宣布新作动画制作决定。